A parte il fatto che in generale non è possibile, per ovvii motivi, trasformare un segnale mono in stereo, se non duplicandolo, ma nel tuo caso in particolare bisogna vedere come effettui la registrazione.
Un conto infatti è suonare la chitarra, possibilmente acustica, magari in un auditorium, mettendo un microfono binaurale nella posizione di uno spettatore. Un altro è campionare direttamente l'uscita di una chitarra elettrica. Nel primo caso se hai utilizzato un microfono mono ormai puoi fare poco, mentre nel secondo è giusto che il segnale sia mono, visto che la chitarra è una... per avere un segnale stereo si potrebbe mettersi nell'auditorium di cui prima, mandare il segnale ad un amplificatore collegato ad cassa e registrare con il microfono binaurale di prima. Semplicemente non lo fa nessuno... Invece si utilizza uno studio di registrazione, dove la voce e gli strumenti acustici sono registrati in una camera anecoica per eliminare l'eco, mentre gli strumenti elettrici sono acquisiti direttamente. Poi il tutto viene mixato dando, strumento per strumento, una percentuale differente sui due canali in modo da collocare spazialmente in modo diverso gli strumenti. Un approccio più moderno è quello di intervenire anche sulle fasi (in modo da aiutare la collocazione spaziale) e di aggiungere del riverbero artificiale (che non esite, viste le modalità di registrazione). Queste ultime operazioni non sono possibili con un semplice mixer, ma vanno fatte via software, immagino quindi che tu stia cercando un software del genere...
Tutto questo spiegone per dirti che non ho la più pallida idea di cosa potresti usare, anche perchè parliamo di software professionali dal costo sicuramente elevato. Ad ogni modo potresti provare a vedere con Audacity, magari esiste qualche plugin che fa al caso tuo.
http://audacity.sourceforge.net/